מועצת התלמידים היא הגוף הרשמי הנבחר והמייצג של התלמידים בחטיבת בן גוריון.
הבחירות מתקיימות בחודש נובמבר בכל שנה בסמוך לשבוע הדמוקרטיה ויום הזיכרון ליצחק רבין.
במועצת התלמידים יש נציגות לכל כיתה .
לכל מועצה יש יו׳ר וסיו׳ר ושאר התלמידים ממלאים תפקידים שונים.
המועצה היא קבוצת מנהיגות לקידום יוזמות בביה״ס בתחומים שונים.
